Door de toxiciteit en verontreinigende aard van parathion is het gebruik ervan voor veel gewassen en in veel landen verboden. Vaak kan het vervangen worden door veiligere alternatieven.

Toxiciteit
Parathion is een stof die een carcinogene, teratogene en mutagene werking heeft. Dat wil zeggen dat het kankerverwekkend is, dat het geboorteafwijkingen kan veroorzaken en zwangerschappen kan afbreken, en dat het DNA kan beschadigen.

Naast alle bovengenoemde eigenschappen is parathion een inhibitor van acetylcholinesterase, een neurotransmitter. Daardoor kan het zenuwbeschadiging veroorzaken. Wanneer zwavelatomen in het parathion worden vervangen door zuurstof ontstaat paraoxon, een stof die overgeven, hoofdpijn, buikpijn, diarree, beven, bewusteloosheid, kortademigheid en zelfs longoedeem kan veroorzaken. Als vergiftiging niet op tijd wordt behandeld kan het hersenbeschadiging tot gevolg hebben.